Stage de recherche – Développement d’un outil de fédération et visualisation pour les indicateurs FAIR

CONTEXTE DU STAGE

Au sein de l’Institut de Recherche Technologique SystemX, situé au cœur du campus scientifique d’excellence mondiale de Paris-Saclay, vous prendrez une part active au développement d’un centre de recherche technologique de niveau international dans le domaine de l’ingénierie numérique des systèmes. Adossé aux meilleurs organismes de recherche français du domaine et constitué par des équipes mixtes d’industriels et d’académiques, ce centre a pour mission de générer de nouvelles connaissances et solutions technologiques en s’appuyant sur les percées de l’ingénierie numérique et de diffuser ses compétences dans tous les secteurs économiques.
Vous serez encadré par un ingénieur-chercheur SystemX de l’équipe Interaction, Usage et Connaissances et vous travaillerez au sein d’un projet exploratoire de l’IRT en lien avec des partenaires académiques.

PRÉSENTATION DÉTAILLÉE DU SUJET
Contexte
Les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) définissent un ensemble de caractéristiques que les données et leurs métadonnées devraient présenter pour être faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables [1]. Le Web sémantique et les technologies des données liées ont été identifiés comme les meilleurs moyens pour l’implémentation des sous-principes d’interopérabilité. Depuis 2019, différentes initiatives Européenne (notamment, FAIRsFAIR [2] , FOOPs! [3], O’FAIRe [4], [5], et FAIR-Checker [6]) ont été proposées pour la mise en œuvre des principes FAIR pour les ontologies.  On note qu’une ontologie est un modèle sémantique, fondamentalement composé d’un ensemble de concepts, relations et métadonnées, décrivant des connaissances d’un domaine spécifique.

Le stage vise à développer et mettre en production un Web service dédié à la fédération des outils FAIR existants et la visualisation des indicateurs FAIR. Nous souhaitons que le futur Web service soit capable d’agréger les indicateurs FAIR, afficher graphiquement les tendances, et générer des rapports d’analyse sous différents formats.  

Objectifs du stage
Les objectifs du stage sont les suivants :  

1. Mise en place d’un service Web qui explore d’une manière interactive les indicateurs provenant des outils de FAIR existants.
2. Expérimentation des résultats autour d’un corpus d’ontologies provenant du domaine de l’industrie 4.0.

Missions

• Réaliser un état de l’art scientifique sur les outils de calcul, recommandation, et visualisation interactive existants pour les indicateurs FAIR
• Participer à la conception d’une méthodologie fédératrice des approches FAIR existantes
• Implémenter la partie fonctionnelle (back-end) et ergonomique (front-end)
• Réaliser des tests fonctionnels et des tests unitaires de performance
• Déployer le Web service et le valider avec des collaborateurs
• Etablir une analyse FAIR complète autour de 130 ontologies du domaine de l’industrie
• Participer à la valorisation scientifique du travail à travers une publication en conférence internationale

Références bibliographiques

[1] M. D. Wilkinson et al., « The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship », Sci. Data, vol. 3, n^o 1, Art. n^o 1, mars 2016, doi: 10.1038/sdata.2016.18.

[2] W. Hugo, Y. Le Franc, G. Coen, J. Parland-von Essen, et L. Bonino, « D2.5 FAIR Semantics Recommendations Second Iteration », déc. 2020, doi: 10.5281/zenodo.4314321.

[3] D. Garijo, Ó. Corcho, et M. Poveda-Villalón, « FOOPS!: An Ontology Pitfall Scanner for the FAIR principles », in SEMWEB, 2021.

[4] E. Amdouni, S. Bouazzouni, et C. Jonquet, « O’FAIRe: Ontology FAIRness Evaluator in the AgroPortal Semantic Resource Repository », in The Semantic Web: ESWC 2022 Satellite Events: Hersonissos, Crete, Greece, May 29 – June 2, 2022, Proceedings, Berlin, Heidelberg, mai 2022, p. 89‑94. doi: 10.1007/978-3-031-11609-4_17.

[5] E. Amdouni, S. Bouazzouni, et C. Jonquet, « O’FAIRe makes you an offer: Metadata-based Automatic FAIRness Assessment for Ontologies and Semantic Resources », septembre 2022. Consulté le: 16 septembre 2022. [En ligne]. Disponible sur: https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-03630233

[6] Rosnet, Thomas, Lefort, Vincent, Devignes, Marie-Dominique, et Gaignard, Alban, « FAIR-Checker, a web tool to support the findability and reusability of digital life science resources », juill. 2021, doi: 10.5281/ZENODO.5914307.

PROFIL ET COMPÉTENCES
De formation : école d’ingénieur ou université master (M1 ou M2), dans le domaine de l’informatique, ingénierie logicielle

Compétences souhaitées

• Bonne expérience en développement Java, JavaScript, Bootstrap, ReactJS/Angular/VueJS
• Maîtrise du Framework Java Spring
• Aptitude à travailler avec les technologies Web et le style d’architecture REST
• Maîtrise des outils GIT et Docker pour le déploiement
• Notions sur le Web sémantique et les ontologies (préférable)

Aptitudes personnelles:

• Curiosité, esprit d’initiative, capacité d’analyse et rigueur
• Prise de décisions techniques
• Travail en mode collaboratif
• Aptitude à communiquer en anglais (et en français).

Merci d’indiquer la référence du stage dans l’objet de votre mail de candidature, d’y joindre CV, lettre de motivation et relevé de notes.